中国科学院微生物研究所是我国微生物研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构，在植物病毒、医学与动物病毒以及免疫学研究方面在国际国内颇有造诣。

  微生物研究所拥有亚洲最大的含48万号标本的菌物标本馆和国内最大的含3.7万多株菌种的微生物菌种保藏中心，建有微生物菌种与细胞保藏中心、微生物资源信息管理平台、大型仪器中心和生物安全三级实验室技术支撑平台。